- Manuel de prélèvement
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Prélèvements à visée microbiologique
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Généralités
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Pourquoi le laboratoire vous demande de compléter une fiche de renseignements ?
Les modalités de recueil, les conditions de transport et le temps écoulé jusqu’à l’arrivée au laboratoire de l’échantillon biologique sont des données indispensables pour valider la qualité du prélèvement et formuler les conclusions appropriées.
Le contexte épidémiologique et les symptômes cliniques vont nous permettre de définir l’objectif de l’analyse, d’entreprendre la recherche d’agents pathogènes spécifiques, de réaliser ou non un antibiogramme. C’est pourquoi cette fiche de renseignements spécifique à chaque prélèvement doit être remplie impérativement.Renseignement sur la prise d’antibiotiques
La règle est de prélever avant tout antibiothérapie. En effet, la présence de l’antibiotique peut négativer les résultats et/ou fausser le diagnostic. Dans le cadre d’un contrôle après la prise d’antibiotique, un délai d’au moins 3 jours doit être respecté avant le prélèvement, sauf urgences et/ou contextes particuliers évalués par le prescripteur. Signaler la prise antérieure d’antibiotique ou un échec d’antibiothérapie.
Pourquoi le laboratoire émet des recommandations concernant les modalités de recueil, la conservation et l’acheminement des prélèvements ?
- Recueil
Le non-respect des préconisations peut entraîner une contamination des prélèvements par la flore habituelle de la peau ou des muqueuses ou encore détruire les germes pathogènes. Ces recommandations sont décrites dans la fiche remise avec le matériel à prélèvement.
Le matériel à prélèvement fourni par le laboratoire est adapté à chaque type de prélèvement ; il est stérile, à usage unique, étanche et conforme aux exigences techniques et de sécurité. - Délai d’acheminement /conditions de conservation avant transport
La croissance bactérienne est directement dépendante de la température. Elle ne doit pas être favorisée ni défavorisée pour conserver la flore prélevée en l’état. Si le prélèvement n’est pas traité immédiatement, il est nécessaire de veiller au respect des consignes concernant les conditions de stockage.
- Transport
Les prélèvements microbiologiques sont potentiellement infectieux et donc dangereux.
Les récipients doivent être transportés dans une poche plastique double étanche pour limiter le risque d’accident en cas de fuite et pour isoler la prescription et/ou la fiche de renseignements. Les délais de transport préconisés par le laboratoire doivent être respectés.Un antibiogramme n’est pas systématiquement effectué sur les bactéries isolées : Voici pourquoi
La réalisation de l’antibiogramme est à l’appréciation du biologiste sauf demande explicite du prescripteur. Un antibiogramme réalisé alors qu’il n’est pas nécessaire peut entraîner un traitement inadapté voire entraîner l’apparition de résistance bactérienne.Les délais de rendu de résultats sont souvent longs pour les analyses de bactériologie : Voici pourquoi
Les échantillons analysés peuvent être polymicrobiens. Il est donc nécessaire de réaliser des opérations d’isolement qui diffèrent le rendu des résultats. D’autre part, la réalisation de l’antibiogramme est effectuée dans un second temps, une fois la bactérie isolée et identifiée. Enfin, certains germes sont de culture difficile.« LA QUALITE DU RESULTAT DEPEND DE LA QUALITE DU PRELEVEMENT »
A SAVOIR : NOMENCLATURE DES ACTES DE BIOLOGIE MEDICALE
Sont recherchées systématiquement les bactéries « standard ». Les recherches particulières doivent faire l’objet d’une prescription explicite. Elles sont souvent soumises à des dispositions particulières pratiques qui seront expliquées.LIMITES TECHNIQUES
- Prélever plus que nécessaire, trop de matériel à analyser ne nuit pas, trop peu implique un résultat négatif par défaut.
- Eviter les prélèvements sur écouvillon sec, car les risques de dessiccation sont importants, préférer les milieux de transport.
- Ne pas hésiter à demander au laboratoire des précisions sur le procédé à employer, le matériel ou tout autre renseignement pratique plutôt que de prélever au hasard. Par exemple, certains germes ne sont pas cultivables et leur diagnostic est seulement sérologique.
- Recueil
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Les diffèrents types de prélèvements
- Prélèvements urinaires
- ECBU : miction spontanée
- Prélèvements génitaux
- Spermoculture
- Lésions non ulcéreuses au niveau du pénis/gland/prépuce
- Ulcérations ano-génitales chez l’homme ou la femme
- Prélèvement urétral chez l’homme ou la femme
- Prélèvement vaginal
- Prélèvements de selles
- Coproculture/parasitologie
- Scotch test
- Prélèvements ORL
- Prélèvement de gorge
- Prélèvement dans le cadre d’une otite
- Prélèvement des fosses nasales et sinus
- Prélèvement coqueluche
- Prélèvements oculaires
- Prélèvement oculaire
- Prélèvements broncho-pulmonaires
- Prélèvement d’une expectoration (crachats)
- Prélèvements endobronchiques
- Prélèvements cutanés ou sous-cutanés
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- Prélèvements cutanés ou sous-cutanés
- Prélèvements d’un liquide de ponction
- Ascite, pleural, péricardique, articulaire
- Prélèvements dispositifs intravasculaires
- Dispositifs intravasculaires
- Prélèvements de sang : hémoculture
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- Prélèvements de sang : hémoculture
- Prélèvements mycologiques
- Fiches de renseignements cliniques suivants la localisation :
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Recherche de bactéries particulières
- Brucella
- Sites des prélèvements : Hémoculture, LCR, Abcès, Liquides articulaires, moëlle osseuse, Spondylodiscites
- Diagnostic direct possible : oui
- Diagnostic indirect sur sérum : indispensable (+/-LCR)
- Bordetella pertussis (coqueluche)
- Sites des prélèvements : Aspiration naso-pharyngée
- Diagnostic direct possible : oui
- Diagnostic indirect sur sérum : pour surveillance vaccination
- Borrelia burgdoreri (maladie de Lyme)
- Sites des prélèvements : sans objet
- Diagnostic direct possible : non
- Diagnostic indirect sur sérum : uniquement (+/-LCR)
- Campylobacter
- Sites des prélèvements : Coproculture, Hémoculture
- Diagnostic direct possible : oui
- Diagnostic indirect sur sérum : possible
- Chlamydiae trachomatis
- Sites des prélèvements : Prélèvements génitaux, oculaires, liquides articulaires et biopsies synoviales, urines
- Diagnostic direct possible : oui
- Diagnostic indirect sur sérum : conseillé an cas de suspicion de salpingite
- Chlamydiae pneumoniae et psittaci
- Sites des prélèvements : sans objet
- Diagnostic direct possible : non
- Diagnostic indirect sur sérum : uniquement (+/-LCR)
- Clostridium difficile
- Sites des prélèvements : selles, recherche de toxines
- Diagnostic direct possible : oui
- Diagnostic indirect sur sérum : non
- Helicobacter pylori
- Sites des prélèvements : Dépistage par test respiratoire, biopsies, recherche Ag dans les selles
- Diagnostic direct possible : oui
- Diagnostic indirect sur sérum : possible
- Legionella pneumophila – culture
- Sites des prélèvements : Prélèvements broncho-pulmonaires, Urines (recherche d’Ag solubles)
- Diagnostic direct possible : oui
- Diagnostic indirect sur sérum : indispensable
- Leptospires
- Sites des prélèvements : LCR, urines, sang hépariné. Prévenir au préalable le laboratoire.
- Diagnostic direct possible : oui
- Diagnostic indirect sur sérum : indispensable
- Mycobactéries
- Sites des prélèvements : Tous les échantillons
- Diagnostic direct possible : oui
- Diagnostic indirect sur sérum : non
- Mycoplasmes urogénitaux
- Sites des prélèvements : Urètres, Urines 1er jet, Col utérus, Brossage tubaire, Hémoculture
- Diagnostic direct possible : oui
- Diagnostic indirect sur sérum : possible
- Mycoplasmes respiratoires
- Sites des prélèvements : Gorge
- Diagnostic direct possible : oui
- Diagnostic indirect sur sérum : indispensable
- Nocardia
- Sites des prélèvements : Aspiration bronchique, LBA, LCR, Hémoculture, Suppurations cutanées
- Diagnostic direct possible : oui
- Diagnostic indirect sur sérum : non
- Rickettsia – Coxiella
- Sites des prélèvements : sans objet
- Diagnostic direct possible : non
- Diagnostic indirect sur sérum : uniquement
- Treponema pallidum (syphilis)
- Sites des prélèvements : sans objet
- Diagnostic direct possible : non
- Diagnostic indirect sur sérum : uniquement
- Vibrio cholerae
- Sites des prélèvements : selles
- Diagnostic direct possible : oui
- Diagnostic indirect sur sérum : non
- Brucella